Основные отличия от предыдущих версий — новый GUI (интерфейс пользователя), изменения в ценах на некоторые виды оружия, введение двух новых видов оружия — штурмовых винтовок IDF Defender (прототипом послужила израильская штурмовая винтовка IMI Galil) для террористов и Clarion 5.56 (прототип — французский FAMAS) для контртеррористов. Введение этих видов оружия преследовало одну цель — закрытие «пропасти» между командой, проигравшей два раза подряд и командой-победителем. При старой системе проигравшая команда была вынуждена использовать оружие класса SMG (пистолеты-пулемёты), что не давало ей возможности отыгратся. Теперь же команда могла позволить купить новые штурмовые винтовки, что увеличивало их шансы на победу и делало игру более динамичной и интересной. Также в CS1.6 увеличена убойная сила пистолета Glock (который в CS1.6 переименован в 9×19 Sidearm), что уравнивает шансы террористов и контртеррористов в первом раунде. Ещё одно важное нововведение — щит (Tactical Shield) для контртеррористов, защищающий его пользователя от фронтального огня в закрытом положении и позволяющий вести огонь из пистолета, раскрывшись. Это нововедение очень критиковалось фанатами игры, потому что сильно изменяло баланс игры в сторону контртеррористов и провоцировало их на использование позиционных, «кемперских», тактик боя. Из-за столь сильной критики щит был удалён из последующих версий игры и запрещён на официальных чемпионатах. В версии CS1.6 были введены некоторые измения в игровой процесс — игрок, обезвредивший бомбу или установший её (с её последующим взрывом), получает три дополнительных очка.

Любительская, то есть нелицензионная версия Counter-Strike прошла долгий путь из неофициальных обновлений (т. н. «патчей»), разработанных энтузиастами. В основном эти обновления представляют собой оптимизацию сетевого кода и исправление критических ошибок, ведущих к сбою клиента или сервера Counter-Strike, а также незначительные улучшения графики.